2023年7月28日在北京人民大会堂召开的日中笹川医学奖学金项目35周年纪念活动，日中医学协会、日本财团、中国国家卫生健康委员会3方签署了包含中日笹川医学奖学金项目在内的第六期中日笹川医学合作项目协议书。

第六期中日笹川医学奖学金学项目延续了第五期的“攻读博士学位型”和“共同研究型”，为支持中国博士后研究员的研究活动新设立了“博士后研究型”。自2024年至2030年计划招收150名研究员。

• 攻读博士学位型：
  选拔10名，旨在培养将来有望成为中国该领域领军人物的优秀人才。资助期限由2年扩充至3年，优秀的研究员以3年内取得博士学位为目标。

• 博士后研究型：
  选拔10名，资助期限2年，旨在培养在日本的科研机构积累研究业绩，回国后继续开展研究，将来有望在中国知名高校医学部任职（教授），成为该领域的年轻带头人。

• 共同研究型：
  选拔10名，资助期限3个月～半年的生活费和研究费。现今，日中之间已由“研究指导的时代”转变至“共同研究的时代”，期待共同研究的成果由中日双方共同向世界发声。